管理系于1997年在社会科学部的基础上创建的，1998年开始招收卫生事业管理专业学生，2000年专业更名为公共事业管理专业，培养具有医药知识背景的"口径宽、基础厚、能力强、创新型"的现代经营、管理高级人才。现设有2个本科专业：即公共事业管理专业（医院信息管理方向、医疗保险方向和药事管理方向）和市场营销专业（医药营销方向和电子商务方向）。目前，正在申报社会医学与卫生事业管理专业硕士点。
　　管理系设有办公室、教研室、图书资料室、心理咨询中心和系团委。共有藏书18000册，期刊100余种。各教研室、资料室已实现了办公信息化管理。系现有高级职称教师4名，讲师9人，外聘客座教授5名。先后承担院级以上课题30余项，其中厅、局级以上课题10余项。有3项成果获厅、局级以上奖。
　　管理系得到了省卫生厅、省中医药管理局的大力支持和指导，并与全省各市县卫生局、中医院建立了良好的协作关系，设立了遍布全省的实践基地，为学生提高实践工作能力创造了良好条件。管理系每年承担两期浙江省中医药管理局主办的全省中医医院院长管理培训班的培训任务。通过培训不仅提高了全省中医医院管理干部的能力素质和管理水平，同时也密切了与医院的纽带关系。