生物医学工程专业是培养从事生物医学工程、医学仪器、电子信息系统设计以及信息处理等领域的专门人才。人才培养的能力与素质目标是：基础理论扎实、实践能力突出、综合素质全面。知识、素质和能力包含的主要方面是：系统掌握本专业所涉及的数学、物理、电子电路、信号与信息处理、计算机科学与技术和工程技术的基础知识；掌握生物医学工程领域的专业知识；掌握电子技术、信号检测与处理、生命科学、计算机技术在医学中的应用以及信息科学的基本理论和基本方法；具备生物医学工程研究与开发的初步能力；具备分析和设计电子设备的基本能力；具有良好的人文社会科学素养；具有组织管理、沟通交流、团队合作能力。

近年来，生物医学工程专业本科毕业生每年大约有18%的学生读研或出国继续进行研究生学习；有96%左右的学生就业，就业去向主要包括通信、信息相关企业和医疗仪器产业、医疗卫生、商检、技术监督、科研院所等部门。如市药品监督监督局宝山分局、上海生物制品研究所、上海医疗器械厂股份有限公司、上海宏桐实业有限公司、上海交大海隆软件股份有限公司、中国检验认证集团上海有限公司、上海检验公司、上海交通大学医学院、上海岱嘉医学信息系统有限公司、中国电信上海分公司、华为公司、东方有线网络公司、中外银行系统、科研院所、国家机关等。