历史系始创于1977年，原属于复旦大学分校，1994年，历史系随文学院一起并入新的上海大学。历史系自设立以来，一直围绕历史本科教育展开各项教学活动，并逐渐提升学科水平，建立研究型的系科。目前历史系有中国史博士后流动站，中国历史和世界历史两个一级学科博士点，一个一级学科硕士点——考古学，从而形成了一个从本科到博士教育的完整的人才培养基地。
近年来，历史系立足于学科的硬件和软件建设，致力于提升整体的教学与科研水平，推动学科快速发展。目前本系有教师33人，其中27人具有博士学位，教授14人，讲师11人，博导10人，上海市浦江人才2人、曙光学者2人，海外归国教师8人，从而形成了一支年龄、学历结构合理、学源多元、充满朝气的师资队伍。
近五年来，历史系学术成果斐然，主持国家及省部级纵向课题36项，其中国家社科基金12项，教育部人文社科基金4项，2012年，历史系陶飞亚教授领衔的“汉语基督教文献书目的整理与研究”课题和谢维扬教授领衔的“中国国家起源研究的理论与方法”课题为国家社科基金重大项目；出版学术专著62部，在《中国社会科学》、《历史研究》、《近代史研究》、《世界历史》、《史学理论研究》、Journal of Modern Chinese History、Journal
of Sino-Western Communications、Studies in World Christianity等国内外学术期刊上发表论文200余篇，获省部级科研奖9项。历史系已发展成为上海市乃至全国的一个新兴的史学研究重镇。
通过长期的积累和有计划的学科建设，本系进一步加强和优化了学科的布局与结构，形成了与上海、乃至全国兄弟院校同类学科错位发展的优势，在中国近现代宗教史、中国近现代学术思想史、中国近现代社会生活史、中国古代文明史、西方社会文化史、全球学等研究方向上形成了自己的特点和优势。本学科2005年就被上海市教委列为第五期重点建设学科，2009年成为上海大学“211工程”三期重点学科建设项目之一。
本系设有古代文明研究中心、和平发展研究中心、宗教与中国社会研究中心、全球学研究中心、马斯托禁毒政策研究中心、考古与博物馆学研究中心等六个研究中心。这些中心成为了历史系教师进行合作研究和对外交流的重要平台。
本系注重与国外著名高校、学术机构的交流。五年来，我们共计派出教师14人/次前往牛津大学、耶鲁大学等海外高校、科研机构访学，并与旧金山大学、美国宗教学会、国际全球学合作团队、纳粹大屠杀教育国际行动委员会、旅美华人历史学会、韩国高等宗教研究所等合作举办了14次国际学术会议。学科发展与国际交流的增多，也为本科生和研究生搭建了广阔的发展舞台。我们曾延请伦敦国王学院狄得满（R.G.Tidemann）教授、美国哈特福特宗教学院Doreen McFarlane教授及怀俄明大学的教师等来本系开课。最近几年很多本科生和研究生或作为交流生出国访学，或到国外参加相关学术会议，有的则通过考试到美国、澳大利亚等国外高校攻读硕士或博士学位。由于这种良好的培养机制，我们的本科生和研究生的培养质量迅速提高，有的博士生、硕士生已在《历史研究》、《世界历史》等权威刊物上独立发表论文。