学校设有基础医学院、公共卫生学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、鼓楼临床医学院、无锡临床医学院、青岛临床医学院、口腔医学院、药学院、护理学院、医政学院、外国语学院、国际教育学院、继续教育学院和高等职业技术学院等16个学院和１个独立学院——康达学院。