培养具备扎实的药学学科基本理论和实验技能，能胜任药物研究、开发、生产、检验、流通、使用和管理等药学相关领域工作，并具有求是创新精神和国际竞争力的复合型高层次药学人才。学生培养由3系（药物化学系、药理与药剂系、药物分析和药物设计与天然药物学系）、5学科方向（天然药物化学、药物化学、药理学、药物分析和药剂学）、2中心（创新药物研究中心（新药研发）和国家级药物先进制造技术国家地方联合工程中心（产品转化））和1室（天然产物全合成与创新药物研究重庆市重点实验室）支撑。学院现拥有“药学”一级学科硕士授权点和与化学化工学院共建的“化学工程与技术”和“化学”一级博士学位授权点以及与生物工程学院共建的博士后流动站；现有在站博士后3人和在校学生344人，其中博士研究生64人、硕士研究生115人、本科生177人。
培养特色：
1）学业导师制：为每一名本科生配备学业导师，在学生思想、学习和生活等方面引导学生，开展个性化、精英化、国际化培养；
2）课堂教学与实践有机结合：本科生及时进入课题组和制药公司实习开展药学前沿研究工作；
3）多样化的药学培养方式：邀请国内外医药领域学者和企业家授课和讲座，帮助学生及时获取世界医药行业发展信息。
就业方向：部分优秀学生拥有免试保送资格；可攻读国内外著名高校、研究所药学相关专业硕士和博士学位；可在国家政府机关、高等院校、研究所、药品检验监督部门、医院、大型独资或中外合资企业等单位从事研究、教育、管理、新药设计与开发等工作。